欧阳深，号东田，南安县东田人，欧阳詹的后裔，少为泉州府学的生员。
明嘉靖三十四年(1555)，倭寇进犯泉州，此后勾结内地叛贼连年分掠泉属、南安等县，到处焚烧杀掠，发掘坟墓，勒财赎尸，极尽残暴，以致民心惶惶，居无宁日。
嘉靖三十七年(1558)，欧阳深授任泉州卫指挥佥事，总管军事文牍，曾书同人诗句“家散万金酬死士，身留一剑答君恩”于壁上，以表夙志。尔后，提兵近千拒敌于晋江，因军功提升为指挥同知。当倭寇勾结恶绅危害地方时，欧阳深曾率数骑插入敌营，观察虚实，剿抚兼施，贼受其感化，率众前来归从者不绝。欧阳深对待投诚兵卒，常以私财犒赏。并从中挑选悍勇的，置于左右听用，对于怙恶不悛者，则严厉剿灭。
嘉靖四十一年(1562)，倭寇勾结贼首江一峰、谢爱夫、施思备等人，入安溪焚劫，顺途抢掠南安东田，欧阳深奉分巡道万民英之命，率兵围攻东田，施思备败走。五月，进攻江一峰，从双溪至岭尾山，连破七寨，复进兵英林、潘迳等处，又击退李五官部，捕杀贼首韦老等，斩俘倭寇百余人。贼首谢爱夫、黄元爵、陈子爱、苏光祚、康大福闻风归降。后又擒拿负隅顽抗的江一峰、李五官、南蛮老、施思备、王二千、李三直等一百多人，斩于市郊，泉州地区始得安宁，欧阳深-升迁都指挥使司。
同年，倭寇攻破兴化(莆田)城，窃据平海卫。军府令欧阳深进援兴化，兵驻东萧，斩敌首百余级，乘胜追击，随后，倭寇大队来援，深与部士薛天申、周岳镇等浴血奋战，终因众寡悬殊，英勇殉国。
欧阳深殉国后，世宗皇帝下诏有司为欧阳深立祠，春秋特祀，并谥封“昭毅将军”，录其子孙，世袭指挥佥事，以示褒扬。欧阳深与俞大猷少年同学，携手抗倭，皆为一代名将，不幸欧阳深竟先阵亡，俞大猷极其悲痛，亲撰祭文以悼念。