孙昌龄，字二如，又字念劬，号元岳，生于明万历十—年（1583年），卒于清顺治八年（165 1年）。宁晋孙家庄人。父亲孙大受，生母王氏，继母张氏、樊氏。
孙昌龄小时就聪明出众、行为端庄，胸经世济民夕大志。
万历三十四年（1606年），与张狮结伴，到城东二十里张家别墅学习。
万历四十年（1612年），乡试考中举人。
万历四十七年（1619年），考中进士（同榜进士，宁晋有四人：孙昌龄、张砷、高捷、王梦尹），授山东登州府推官。
孙昌龄任山东蚕登州府推官期间，廉洁奉公，施惠百姓，断案准确，办事敏捷，已成名宦（文登建生祠祀之）。
天启元年（1621年），任同考官，所取之士多数高中。登州地处沿海，他就海运、海防、地方利害等方面，论述自己的意见各十余条，全部符合实际，都能有效施行。登州土地盐碱，徭役繁多，赋税拖欠严重，百姓纷纷逃外地，他向上请求，豁免赋税银四万五千多两。并将招远县驿馆撤除，减轻百姓负担。登州有一刘姓人家，不守法令，威胁欺负百姓，横行一方，无人敢惹。孙昌龄查实罪行将其拘捕。—时间，有十三个有权有势的人为他说情，孙昌龄办理此案毫不因此动摇，终按律令论处。有个人，父亲死了，自己在父亲坟前结庐守孝，其妻在家伺候母亲，晚上一个穿孝服的人偷偷进入其妻房内，他母亲以为是自己儿子。等那人要走时，他母亲到那人跟前教训他，那人扔掉孝服跑走了，其妻发觉不是自己的丈夫，因蒙受了欺辱，就上吊死了。这家人抱着孝服到府衙告状，请求捉拿凶手。孙昌龄便将所有裁缝召集到府衙，让他们把近来缝制孝服的人，姓名，住址，缝制件数等情况写下来。经过核查，是一富家子弟作案。孙昌龄便立即逮捕这个富家子弟，处以死刑。一个横行霸道的军官，将四十六名海商罗织成 罪结案，移交给孙昌龄，并派去二十个士兵，强行监督，必须按原来定的罪核定，不许改动。孙昌龄严辞驱逐那些士兵，然后慢慢讯问。经核实四十六人都是商人，不是 。他认为：怎么能罗织罪名，滥杀无辜呢。便将实情上报，释放了这些商人。军队换防时，征收了行军粮饷，还要征收驻扎的粮饷。孙昌龄认为，这种双重负担百姓承受不了，经核实豁免多征收的粮饷八万两。因此，军队主管恨在心，让刚派来的直指挥使者（皇帝派来的直接处理地方事务的官员）难为他。这人等孙昌龄接受抚按命令，察看海防时，突然就青州郡县官员好不好，案件处理情况，赋税收缴情况询问他，直指挥使认为路途远、时间紧孙昌龄一定回答不了。可孙昌龄就在途中一边走一办公，按时上报，且准确无误。这人很惭愧地说：你才能真高啊。并把实情告诉了他。终还首先向皇上举荐了他。这时兖州地区白莲教起事，邹县、滕县、郓城、单县都被白莲教占领，孙昌龄监军，只身单骑到达军营。他发现文武官员互不相容，便说：“这就是白莲教日益壮大的原因。”于是孙昌龄消除相互问的猜疑，明确各自的功过，让文武官员同心协力消灭白莲教头目，遣散白莲教人众。经过一个月的努力，地方恢复安宁。消息报告到朝廷，孙昌龄被提拔到吏部，任吏部验封清吏司主政。在任期间，对各级官员考核评语放在口袋中，评语用一两句话或两三个字，就准确地概括其人的特点。聪明的人一看就知道是谁。吏部尚书-星很赏识他，每有重大大事务，—问他： “二如，你认为怎样呢？”孙昌龄后又调任吏部文选清吏司员外郎。
天启四年（1624年），任陕西主考官，所选中的举人多数考中进士。这年冬天，因病回家休养。
崇祯四年（163 1年）春天，调任吏部验封清吏司员外郎，到夏天坚决要求辞职。。
崇祯八年（1635年），晋吏部考功清吏司郎中。两月间，批复二百四十多件公文，很快处理清了积案，并且是非功过一清二楚。吏部尚书特别提请记录功绩。后来多次调他任吏部文选清吏司郎中，都未赴任。
崇祯十年（1637年），终还要让他任吏部文选清吏司郎中。原来是掌权的人想利用他的声望培植自己的党羽。孙昌龄得知底细坚决不上任，借口有病，请求回归家园。当权者借他批复公文中的一字之误来给他罗织罪名，给谏宋学显、刑部尚书郑三俊极力为他解脱罪责，但全无效果，结果发配清源。发配期间，孙昌龄专心撰写《念草史蠡》、 《四书蠡》，完全不把自己所受的冤屈放在心上。
崇祯十六年（1643年）冬，六十一岁的孙昌龄又经台省举荐重任吏部验封清吏司郎中，时明朝国势极衰，不久，他便辞官归隐广阿，著《彤虫识四朝余小录》。
清顺治二年（1645年），经给谏孙承泽举荐，任吏部考功司郎中，很受吏部满尚书阿岱器重。他给皇帝写的时事奏疏，涉及分军屯、恤穷民、重民命等国家大事，援古论今，井然有序，娓娓道来，千百语，都是治国良策。这年七月，转调尚宝寺卿。八月任山西主考官，主持山西乡试，所取举人比历来水平都高。
六十四岁，晋右纳言。
六十五岁，晋太仆寺卿。
六十六岁，晋都察院左副都御史。其间上疏奏议八条意见，全都切中时弊。任职期间对不通文理、不懂政务的官员，都罢免了职务，将两名不称职的御史，发给安家费用，解除了他们的职务。御史王守履抚按江西，与总督发生矛盾，双方上奏朝廷，朝中有人袒护总督，打算将王守履革职，但王守履是对的，孙昌龄据理力争也不行，便写了奏章向皇帝上奏，终肯定了王守履的做法。从此，重大问题，要经朝廷和都察院双方决断，才成定论。
顺治八年（1651年）三月，顺治帝召集三品以上官员，听取朝政得失意见，所陈正是孙昌龄在奏疏中提到的。但他已经有病离职，参加朝议的官员无不感到遗憾。七月初七，病逝。十月二十六日，安葬祖坟，顺治帝派直隶真定府知府崔成名谕祭孙昌龄。
康熙元年（1662年）七月十二，诰赠右都御史，加谥恭宪。