李祁得中榜眼后，授应奉翰林文字。时农民起义爆发，元朝统治岌岌可危。李祁母老就养江南，李祁改任婺源州同知。累迁-儒学副提举。以后，由于母亲去世，回乡服丧，李祁归隐江西永新，后又躲避乱世，藏入云阳山中。
李祁崇尚名节，平日与人谈话，言语从不偏离君、臣之礼义。当元朝复亡之际，李祁在家乡听到元军溃败，常十分忧愤，以至于食不下咽。每谈及国家事，常常痛哭流涕。李祁的同科进士余阙，为右榜第二名，后来在抗击明军中战死。李祁为余阙的著述《青阳集》作序时，自以“不得乘一障效死为恨”。在序中还写道“世之贪生畏死甘就屈辱，腼然以面目视人者，斯文之丧益扫地尽矣”。总制新安的-永新千户余茂，在李祁殁后，刻印其遗文《云阳先生集》十卷行世。到了以后的明朝弘治年间，李祁五世从孙李东阳为大学士，又托吉安太守顾天锡重版该书。
洪武初年，明太祖开“礼乐馆”，征聘宿学名儒，李祁坚决回绝明朝的邀请。自号不二心老人。蛰居穷乡三十年，到了古稀之年，遭遇兵乱，乱中受伤，而后去世。时年73岁。李祁擅长于行、草大字书法，风格遒劲、飘逸而含古意。明李东阳《怀麓堂集》中称：李祁楷书精湛。他也能诗擅文，他的诗作在《四库提要》中给予高度评价，认为他的诗作“冲融和平，自合节奏”。其诗文近千篇，仅存《云阳集》。部分载于《明史·艺文志》。收入《沅湘耆旧集》一书的有七十五首。
著有《云阳先生集》十卷。
注：在《新元史》、《中国书法大辞典》中都将李祁误为一甲第一名状元，将“齐”、“祁”相混淆。