侯一元，字应乾，号之川，秦安县人。青年时代，他父亲侯宪在国子监读书，侯一元跟随其父亲在京城读书，深受全国当时著名的学者的感染和熏陶，勤奋好学，博览群书，精于经史，擅长《礼记》。明武宗正德九年(1514)，领乡举进士，授工部都水主事，监闸于济宁(今山东济宁市)。济宁有市宅滩田园囿湖池之利，历任这里的监闸官无不谋利，已形成惯例。侯一元到任后，以身作则，廉洁自爱，一无所取，禁罢了这种恶习，还令其下属不得违犯。济宁又位于水陆要冲，交通枢纽，南来北往的船只都要经过这里，因此经常船只拥挤，交通不便。来往这里经商的一些官宦们，横行霸道，目无法纪，他们往往一次乘楼船数十艘，隐藏巨商大贾于船中，并满载各类货物招摇而过，到达闸口，呼喊闸人。闸人都屏息不敢仰视，稍微缓慢，就遭鞭打和辱骂。针对这种情况，侯一元规定，开闸闭库要按时，过往的船只要按照先后顺序至闸口依次而往。对不按此令执行者，不管什么人，一律以法律为准绳。这样那些平常横懿的官吏们再也不敢莽撞，都照规办事。路过闸口，官吏们退避不敢声言，但是心中无不抱恨侯一元。面对官吏们的威吓，侯一元大义凛然，无所畏惧。这些做法，得到了当地百姓的称赞。济宁人争相传诵说：“自吾闸有主事，未有若侯公者”。侯一元在济宁3年，离职时百姓给他树立了石碑，歌颂他的政绩和品德。
后侯一元任礼部主事，进兵部员外郎、郎中，他仍然秉公办事，刚正不阿。所以与同郎郎中议不合，不得已告病回乡。六年后御史推荐，侯一元又被召为吏部验封郎中，任职期间，上奏要革除皇亲世荫侯爵的制度。不到一年时间，卒于官，葬于秦安县城以北的七星岭南。著有《北堂书钞》，共180卷。